Університетський храм (семінарська церква) на честь трьох великих християнських святителів – Василія Великого, Григорія Богослова та Іоана Златоустого – побудовано з цегли у період 1864-1878 рр.  До початку 1882 р. провадилися його розписи.
Над розписами в купольній частині храму працювали віденський художник К. Йобст, та буковинський митець Е. Бучевський. К. Йобст написав ікони Різдва Христового (розміщена у лівому нефі 2-го поверху), Воскресіння (розміщена у правому нефі 2-го поверху), Зішестя Святого Духа  на Апостолів (розміщена над вівтарем) та чотирьох євангелістів: св. Матфея, св. Марка, св. Луки та св. Іоана (розміщені, як це прийнято у православному храмовому будівництві, у прикупольних нефах).
Розробкою та виконанням декоративного орнаменту займався Е. Бучевський. Розписувався храм темперою. Освячений 12 лютого 1882 р. митрополитом Сильвестром (Мораріу-Андрієвичем) на честь трьох святителів: Василія Великого, Григорія Богослова та Іоана Златоустого.
Іконостас вирізьблений із липи буковинськими майстрами. Розміри храму – 18,9х18,56 м, загальна площа – 281,1 кв.м. Висота центрального купола 38 м., а ззовні (з хрестом) – 45 м.Храм збудований для потреб теологічного факультету, який розташовувався поруч, на території митрополичої Резиденції. У храмі студенти-богослови проходили богослужбову практику.  Цікавим є той факт, що навіть під час Першої світової війни навчальний процес не переривався. Проте, так тривало лише до 1944 року.
В радянську добу, до 1981 року, у храмі було розміщено обчислювальний центр (ОЦ) університету, де знаходилась одна із перших радянських обчислювальних машин (ЕОМ) "Мінськ-4”, власне, саме так у той час називали комп’ютери. Ректорат університету доклав усіх зусиль для того, щоб зберегти святиню. Зокрема, на стінах храму зберігся автентичний розпис, не було навіть зрушено з місця іконостас.
У 1981 році електронну техніку було перевезено в інше приміщення, а у храмі розпочато реставраційні роботи, котрі продовжувалися до 1985 року. В цей період було поновлено декоративний орнамент та ікону Зішестя Святого Духа на Святих Апостолів, котру з часом зіпсував грибок. Реставраційні роботи проводили майстри з м. Кам’янець-Подільського, а ікону Зішестя Св. Духа реставрували київські фахівці.
Вся купольна частина храму є автентичною, як і іконостас 1882 року. Під час реставрації було відновлено втрачене панікадило. Сучасне панікадило було виготовлено з латуні за ескізами старого.
З 1985 до 1991 року у храмі функціонував історико-культурний центр.
З 1991 року на великі релігійні свята у храмі було дозволено звершувати богослужіння, а з відновленням у структурі університету теологічного відділення – було відновлено й богослужбову практику, на той час лише чотири дні на тиждень.
Новий етап в історії храму розпочався 18 квітня 2003 року. Саме тоді з благословення Його Святості Патріарха Київського і всієї Руси-України Філарета було укладено нову угоду про спільну освітню діяльність між ЧНУ ім. Юрія Федьковича та Київською Духовною Академією (КДА) Української Православної Церкви Київського Патріархату. Реалізація угоди також передбачає розв’язання й низку інших важливих питань. Саме з цього часу університетський храм отримав ставропігійний статус (пряме канонічне підпорядкування Патріархові), а студенти-богослови можливість не лише у будні , але й у недільні та святкові дні закріплювати на практиці набуті ними теоретичні знання з літургіки, гомілетики, пастирського богослов’я та ін. 3 вересня 2003 року в храмі відновлено постійні богослужіння, котрі звершують викладачі та студенти Богословського відділення. У 2006 році було розпочато новий етап реставраційних робіт у Резиденції загалом  і у храмі зокрема. Саме у цей час розпочато комплексну реставрацію куполів та даху храму, а також було замінено систему дощового водовідведення.
 
У 2009-2010 роках замінено систему опалення.